螺旋沉降离心机运行过程中，主电机同时驱动两个皮带轮转动，经过齿轮或者是摆线针轮差速器分别驱动转鼓和螺旋，并保持两者间固定的相对差转数，该设备是在高速状态下进行分离的。
为了确保理想的分离效果，要确保螺旋沉降离心机本身的平衡。要准确地平衡离心管和它们的内容物。事实上，超速离心机转子是镶置在一根很细的轴上，因此在两只离心管平衡时，重量之差不得超过各种离心机说明书上所规定的范围。
制备性超速离心机两离心管重量之差不得超过0.1g。有套筒的离心管应带套筒一起平衡。离心管套筒不得在不同离心机之间混用。在达到平衡条件之后，在添加物料的时候，也应当保持平衡，以免离心力不对称损坏离心轴，造成严重事故。平衡好的离心管对称放好后盖好螺旋沉降离心机盖，打开电源，设置离心机转速和离心转速。
在快要达到分离设定时间的时候，应及时开启减速或者是速度调节旋钮减速。待螺旋沉降离心机自然停止转动后，开盖取出离心管。关闭电源，拔掉电源插头。清洗离心机、离心室、离心管、套筒等。
